要想在游戏里用运输船运部队，首先你得满足一些前提条件。你的大本营或者说主城等级需要达到15级，这是解锁运输船功能的基础门槛。达到等级后，你还需要在兵工厂中研究对应的科技，否则无法生产运输船。运输船只能在拥有海港的城市进行建造，因此你需要占领或建设一个带有海军基地的港口城市，在那里才能完成运输船的建造或集结。
当你的港口中有了可用的运输船后，具体的装载操作其实很直观。你只需要在地图上选中你想要运送的陆军部队，然后点击行动菜单中的进入或类似按钮，接着选择目标运输船所在的港口或海军基地。系统会自动将可以装载的部队适配并送上运输船。需运输船的舱位空间是有限的，不同兵种占用的空间不同，例如步兵占用较少，而轻型装甲车占用较多，像重型坦克这类装备通常无法通过普通运输船运输。
部队装载完毕后，运输船本身不具备战斗力，因此航行安全至关重要。你需要为运输船规划一条尽可能安全的航线，通过长按地图可以设定路径点，尽量避开敌方海军控制的高危海域。出发前，最好派遣侦察机侦查航线，并安排驱逐舰、巡洋舰等战舰组成护航编队，以应对可能遭遇的潜艇、敌舰或空袭。航行中要时刻注意天气系统的影响，恶劣天气会降低航速但也能提供一定隐蔽性。
运输船抵达目的地后，便进入卸载环节。最安全高效的方式是驶入己方或盟友控制的港口，部队会自动快速卸下。如果前线没有港口，运输船可以直接开到海岸边让部队涉水登陆，但这会让船只暴露且卸货速度较慢。无论哪种方式，卸货期间运输船处于静止状态，极易受到攻击，因此必须确保卸载区域的制空权和制海权，护航舰队此时需保持高度警戒。卸载完成后，运输船便可返回或执行下一次任务。
除了常规操作，游戏内还存在一种特殊的登船情景，即派遣部队登上并夺取敌方运输船。这属于战术行动，需要更周密的准备。行动前需侦察目标船的路线和护卫力量，制定详细的攻击计划。行动时，利用夜色或雾气掩护接近目标，快速发起攻击压制船上防守力量，然后派遣如海军陆战队等精锐兵种强行登船，占领驾驶舱等关键部位，最终确保完全控制船只。
