少年三国志2作为一款策略卡牌游戏，其副本设计融合了历史背景与策略玩法，为玩家提供了丰富的挑战体验。再上昆仑副本以其高难度和策略深度成为游戏的核心亮点之一。该副本包含六个不同特性的Boss，每个Boss都拥有独特的技能机制和小兵支援，玩家需要根据敌方属性调整阵容，合理分配资源并利用羁绊技能提升战斗力。副本的挑战过程强调时机把握和技能特效的灵活运用，多次尝试与策略优化是通关的关键。
材料副本作为资源获取的重要途径，分为经验、铜币和强化石三种类型，每种副本又包含不同难度等级。玩家需组建特定阵营的武将队伍以激活羁绊加成，例如魏国武将组合能显著提升整体战力。战斗中需注意站位调整，优先让输出型武将承受伤害，辅助型武将提供治疗和控场支持。每日有限的挑战次数要求玩家高效利用每一次机会，确保资源收益最大化。
列传副本以历史人物传记为框架，将剧情探索与战斗挑战相结合。刘备传作为早期列传，通过引导任务和自由探索模块降低入门门槛，同时提供残卷奖励用于激活属性加成。副本中的选项设计增加了玩法多样性，玩家可选择战斗或非战斗方式推进剧情，重复进入还可触发隐藏奇遇事件。这种设计既满足了剧情党的沉浸需求，也为追求效率的玩家提供了快速通关路径。
时空外传副本以解谜寻宝为核心玩法，要求玩家在限定战力条件下探索全地图并完成选项分支。赤壁硝烟等关卡通过阴影地图机制和双选项宝箱设计，鼓励玩家反复尝试不同路线。副本中随机刷新的增益效果为低战力玩家提供了通关可能性，这种动态难度平衡机制兼顾了挑战性与容错率。
奇珍异兽副本聚焦于神兽挑战，如朱厌需骑兵阵容应对其减速召唤机制。该类副本按固定日期开放，要求玩家针对性调整阵容配置，利用兵种特性破解Boss技能。神兽战强调实时策略调整，武将技能释放时机与队伍移动速度成为胜负决定性因素。
主线副本贯穿游戏进程，通过渐进式难度曲线引导玩家提升战力。副本中敌人特性差异显著，需动态搭配攻击型、防御型武将，并合理强化装备与宝物。兵种克制关系和阵形变换进一步丰富了策略维度，使每场战斗都需要独特的破局思路。这种设计确保了主线玩法长期保持新鲜感，避免陷入重复单调的挑战模式。
